气体灭菌 有的灭菌材料不能承受蒸汽灭菌或干热灭菌的高温，通常选择气体灭菌法。常用的气体灭菌剂是无菌的质量合格的环氧乙烷。灭菌过程常在一个加压的灭菌舱内进行，灭菌舱的设计与高压蒸汽灭菌器类似，但附有导入气体的特殊功能。采用气体灭菌剂的实验室要有灭菌后排气能力，微生物存活检测能力，并使操作人员暴露在有害气体中的机会最小。
环氧乙烷气体灭菌过程的确认，是前面讨论过的程序确认方法。这一确认过程比其他灭菌措施更全面，除温度外，湿度、真空度/正压、环氧乙烷浓度也要求严格控制，保证整个循环中灭菌舱所有关键过程参数符合要求。由于作用于灭菌制品的灭菌参数是临界参数，故应提前调节使湿度达到要求。确认过程通常用制品与适当生物指示剂如枯草杆菌混合来进行，可放在满舱的制品或模拟制品中。监测湿度和环氧乙烷气体浓度要用专门的仪器，要有经验的人员对这些仪器进行校对、操作和维护。在例行的运转监测中也可用生物指示剂。
生物指示剂可应用于分次循环达到分次阴性，采用混合制品和混合模拟制品，在设计一个环氧乙烧灭菌循环时使微生物存活率达到无菌保证值。
环氧乙烷灭菌过程的局限性是气体渗透到灭菌制品最深部的能力有限，故包装设计和灭菌舱内物品堆放模式必须确保渗透的阻力最小。