一般情况下，蒸汽灭菌可用嗜热脂肪芽孢杆菌的芽孢，干热和环氧乙烷灭菌可用枯草芽泡杆菌（Bils subilis）的芽孢，短小芽孢杆菌（Boclus pumnilus）合适菌株的芽孢可用于辐射灭菌的监测。
原始微生物孢子悬液的制备，要求有适当的制备程序，包括群体培养，收获和保护胞子的悬液。原始孢子悬液主要含有非活动性（非芽生）的孢子，一直保持在非营养性液体中。把生物指示菌放在含有培养液的包被中，该包被的设计要对灭菌基质的穿透力具有最低程度的抗性，特别是所用的生物指示剂要与快速灭菌蒸汽相接触。在任何部位放置生物指示剂要注意位置，即直立、旁侧、以确保灭菌基质的最大穿透力。生物指示剂的制备要保证它最初活孢子数及活孢子数对灭菌过程的抗力两种功能。因此，要注意生物指示剂所含有的活孢子数及在有效期内活孢子的抗力。
每种形式的标准生物指示剂，对其应用都应有明确的规定。在使用生物指示剂过程中，要符合所规定的要求和条件，仅了解芽孢的抗性参数是不够的，要证实在使用中所采用的条件及实际结果。
操作：一般是将生物指示剂放在热力或气体、射线灭菌最不易达到的部位，每次不应少于5片，上层和中层的中央部位各一片，下层前中后各1片，灭菌完毕，随物品取出生物指示剂，以无菌操作，将包好的菌片取出，各加至含溴甲酚紫葡萄糖胨液体培养基1管，嗜热脂肪芽孢杆菌在55~60℃培养 24～48h初步观察，5天后判断结果。如未长菌，判本批制品或物品灭菌合格。如有菌生长，可使培养基变酸，指示剂由紫蓝色变黄色。若有1管长菌，判本批制品或物品灭菌不合格。