无菌环境是指人们用物理的或化学的方法，在某一可控的空间内使微生物数量降低到最低限度，接近于无菌的一种空间。无菌室或无菌柜、净化工作台、生物安全柜、隔离器等都是这样的空间。其中隔离器是现代化的无菌操作最安全的装置。
无菌环境，其含义只是相对而言，严格的无菌环境是很难达到的。目前对无菌程度的检测方法是以一定容积空气中所含≥0.5 μm的微粒数及活菌数来评定环境中净化空气的程度。我国药品生产管理规范的空气净化级别规定为四级。
空气中含有≥0.5 μm的微粒数不等于微生物的活细胞数。只有在相应的净化级别的区域内所测得的菌落数才是微生物的活细胞数，方可衡量无菌程度。
无菌室的无菌程度，根据工作性质、内容的不同而有区别。无菌灌装、无菌取样、无菌检测的无菌室，其无菌程度要求高，一般无菌室的无菌程度要求稍低。
无菌室的无菌程度，常用的测定方法为取营养肉汤琼脂平板（内径9cm）、改良马丁培养基平板（内径9cm）各3个，置无菌室的各工作位置上，开盖暴露30min，分别在35～37℃培养 48h、25~28℃培养3~5天后计算菌落数。细菌和真菌总数不超过10个否则不能用于微生物限度检查。