常用的灭菌方法有：热力灭菌法；气体灭菌法；辐射灭菌法；过滤除菌法等。
热力灭菌法：利用高温杀灭微生物，是一种应用广泛而又简便有效的灭菌方法。强热能使蛋白质凝固，而导致细胞死亡。热力灭菌法可分为干热灭菌和湿热灭菌。
1.干热灭菌法 常用的有火焰、烧灼、干烤和红外线灭菌等。
（1）灼烧与火焰灭菌：
灼烧主要是用于接种工具灭菌，如接种针、接种环、刀、剪等在火焰上烧灼即可达到彻底灭菌，火焰灭菌通常用于无菌操作中，将试管口、玻璃瓶口、硅氟塑料塞等反复通过火焰数次，利用火焰对管口等进行灭菌，阻止管口污染，作为无菌操作过程中的辅助灭菌手段，故其效果与灼烧灭菌并不完全等同。
此外，污染的纸张、棉花和实验动物的尸体等可用焚烧灭菌。
（2）干烤灭菌∶利用热辐射及干热空气进行灭菌。一般将待检灭菌的物品，例如剪刀、镊子、不锈钢药匙、注射器、平皿、试管、吸管、乳钵等金属、玻璃、陶瓷制品包装后，均可在烤箱内干热灭菌。通常加热至 160℃，恒温2h可完全灭菌。但不宜超过170℃，因包装用纸张或棉织物容易焦化，玻璃量具也易变形。注射器、安瓿等器皿在180℃以上持续45min即可灭菌，持续2h或250℃ 30 min 可除去热源。干热灭菌过程包括：升温期，约1h；恒温期，约2 h；降温期，约2 h。因降温过速，骤冷易引起玻璃器皿炸裂。空气不是热的良导体，传热慢，同时穿透力不强，故灭菌时间长。
干热灭菌时装入干烤箱内的物品切勿紧密，应有间隙，利于热空气流动；过密，致使温度不均，部分物品灭菌不彻底。